Strategické ciele Združenia sú postavené na potrebách a očakávaniach členov Združenia, ďalej potrebách a cieľoch celého biotechnologického sektora na Slovensku, včetne poskytovateľov služieb, vedeckých a výskumných inštitúcií a príslušných neziskových organizácií.

Medzi hlavné ciele a priority Združenia patrí vytvorenie spoločnej platformy pre:

• podporu a presadzovanie záujmov priemyselných podnikov založených na biotechnológiách v rámci SR a EÚ
• stanovenie spoločných výskumných priorít v oblasti priemyselnej biotechnológie a súvisiacich sektorov
• zabezpečenie adekvátnej podpory biotechnologického výskumu v podmienkach SR ako kľúčového prvku európskej konkurencieschopnosti
• zlepšenie spolupráce akademickej a priemyselnej sféry v oblasti biotechnológií, pretože najväčšiou slabosťou SR je nepochybne fragmentácia a rozptýlenie výskumných pracovísk
• podporu biovýskumu a priemyselných biotechnológií pre tvorbu trvalo udržateľných nepotravinových produktov a postupov, napr. biomasa na získavanie energie, ochrana životného prostredia, ako aj na uchovávanie vysokej pridanej hodnoty produktov ako napr. materiály a chemické látky, vrátane nových systémov hospodárenia, bioprocesov a koncepcií biorafinovania, biokatalýzy, atď.
• zabezpečnie trvalo udržateľného rozvoja priemyselnej biotechnológie s ohľadom na bezpečnosť a životné prostredie
• realizáciu existujúcich a vytváranie budúcich politík, legislatívy a predpisov v oblastiach ýkajúcich sa priemyselnej biotechnológie, bezpečnosti, cenovej politiky v oblasti surovín a obchodných otázok
• podporu budovania vedomostnej bioekonómie v rámci SR prostredníctvom prepojenia vedy, priemyslu a iných zainteresovaných strán v intenciách politiky EÚ, t.j. využívať nové výskumné príležitosti, ktoré riešia tieto sociálne a hospodárske otázky: rastúci dopyt po bezpečnejších, zdravších a kvalitnejších potravinách a po využívaní a výrobe produktov z obnoviteľných biozdrojov, zabezpečenie trvalej udržateľnosti a bezpečnosti poľnohospodárskej produkcie, najmä v dôsledku klimatických zmien
• podporu pri zavádzaní a presadzovaní inovácií a nových poznatkov v oblasti trvalo udržateľného riadenia, výroby a využívania biologických zdrojov (mikroorganizmov, rastlín, zvierat), ktoré poskytnú základ pre nové, trvalo udržateľné, ekologické a konkurencieschopné výrobky v oblasti poľnohospodárstva, rybného hospodárstva, potravín, zdravia lesníctva, ako aj v súvisiacich sektoroch
• spoluprácu vo výskume v rámci EÚ, vrátane technológií, ktoré majú v názve koncovku „-omika“, napr. genomika, proteomika, metabolomika, ako aj systémovej biológie a konvergenčných technológií pre mikroorganizmy, rastliny a zvieratá, vrátane využívania ich biodiverzity, lepších poľnohospodárskych plodín a postupov pestovania, programov kvalitnej produkcie a dôsledkov GMO, trvalo udržateľného, konkurencieschopného a multifunkčného poľnohospodárstva a lesníctva, rozvoja vidieka a, zdravia zvierat, ich chovu a produkcie, zdravie rastlín, trvalo udržateľného rybného hospodárstva a akvakultúry, infekčných chorôb zvierat, vrátane zoonóz, bezpečnej likvidácie odpadu živočíšneho pôvodu, uchovávania, riadenia a využívania živých vodných zdrojov, rozvíjania nástrojov, ktoré potrebujú tvorcovia politiky a iné zainteresované strany v oblasti poľnohospodárstva a rozvoja vidieka (krajina, postupy správy krajiny atď.)
• elimináciu dôsledkov globálnych klimatických zmien na surovinové zdroje a na činnosti s tým súvisiace.

Európa je postavená tvárou v tvár konkurencii z USA a Japonska, ktoré majú širokú výskumno-vývojovú základňu a dlhodobé skúsenosti v aplikácii priemyselnej biotechnológie. Biotechnológie sú veľmi dobrým príkladom funkčného prepojenia výsledkov základného výskumu s aplikačnou sférou, čo, okrem iného, umožní aj vytvorenie nových pracovných príležitostí. Napokon, biotechnológie nie sú len hlavným inovačným zdrojom vo výrobe liečiv a v poľnohospodárstve, ale aj pre ďalšie priemyselné odvetvia. V podmienkach Slovenska môžu byť zvlášť významné pre chemický priemysel.